RNA提取是玄学?要观方位?还要择吉时?NO NO NO!GenStar有话说

作者:康润生物
发布时间:2021-10-09
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师妹每次提RNA都要整理仪容仪表

实验台也是上上下下打扫的非常亮堂

最后再双手合十,嘴里不知道念叨着什么

这才能开始提取RNA!



这一通骚操作

秀的小编我要拜她为玄学师父了

哈哈哈~

当然,如果能得到理想RNA,

那我相信各位小主也要拜她为师了!


毕竟对很多同学来说

提取RNA简直就是噩梦般的存在

我们来唠一唠

如何提取高品质的RNA


首先,如何确定RNA质量呢?

常用的方法有UV光谱分析、荧光染料、Agilent 2100 Bioanalyzer™、琼脂糖凝胶电泳等。这里小编重点介绍UV光谱分析和琼脂糖凝胶电泳法。

UV光谱分析

  • A260nm是核酸最高吸收峰的吸收波长,如DNA、RNA、引物等。

  • A280nm是蛋白质、酚类最高吸收峰的吸收波长。

  • A230nm是碳水化合物最高吸收峰的吸收波长,如多肽、苯酚等。


通过检测260nm/280nm、260nm/230nm OD值的比值,评估RNA纯度:
  • A260/A280的比值在1.8-2.2,说明RNA纯度较好。

    若比值<1.8,说明提取的RNA中存在蛋白质、酚类等污染;

    若比值>2.2,说明提取的RNA已被DNA污染或者RNA已降解。

  • A260/A230的比值在1.8-2.0,说明RNA纯度较好。

    若比值小,说明提取的RNA中可能存在糖类、盐或有机溶剂。


琼脂糖凝胶电泳

对于真核生物来说,完整的RNA有3个条带:28S条带最亮,其次是18S条带,5S条带最淡(有些试剂盒提取RNA的过程会将5S条带过滤掉)。通过琼脂糖凝胶电泳检测28S、18S的条带亮度比值评估RNA的纯度和完整性。



  • 若28S和18S条带清晰、明亮、锐利,且28S条带亮度约为18S的1.5-2.5倍,则说明RNA质量较好。

  • 若RNA条带不亮或缺失,可能与上样量不足、RNA在凝胶中发生扩散或降解等因素有关。

  • 若条带弥散,可能原因有RNA已降解、电泳时电压或电流过大、上样量过高或过低等。

  • 若条带大小超过28S,说明可能存在基因组DNA污染,建议使用DNaseⅠ处理。


接下来,当然是提取高品质的RNA!

正确储存样品

采集组织及细胞之后,应立即灭活内源性RNase,以防RNA降解。小编与大家分享了3种方法。

  1. 样品加入裂解液(如胍盐)后,立即彻底匀浆。
    注:加入裂解液之前必须确保样品处于冷冻状态。

  2. 使用液氮快速冷冻样品后再置于-80℃保存。必须保证组织块足够小,才能使其浸入液氮的瞬间就能冻结,以确保RNase瞬间失活。

    注:待提取样品应避免反复冻融。为了确保RNA的提取质量,请尽量使用新鲜样品。

  3. 将样品充分浸泡在RNA稳定剂中。它是一种无毒、水相收集试剂,可稳定并保护完整、未冷冻的组织和细胞样品中的RNA。
    注:组织样品切片一定要薄(<0.5 cm),以便在RNase破坏RNA之前稳定剂迅速渗透组织。


RNA提取纯化前的准备工作

  • 所有物体表面(如实验仪器、工作台面)可用去RNase污染的溶液擦拭。

  • 建议设立RNA抽提专区,实验用的器具亦可专用。

  • 使用的玻璃器皿可进行150℃干热灭菌4小时的处理。

  • 塑料器皿可用0.1% DEPC(焦碳酸二乙酯)水溶液在室温或37℃处理12小时,然后再高温高压灭菌以除去残留的DEPC,或者在0.5 M NaOH中浸泡10 min,然后用水彻底清洗再灭菌烘干,即可去除RNase。

  • 采用无菌操作规程,注意经常更换新手套,以避免RNase污染。


选择合适的RNA提取纯化方法

(1)溶液法

又称异硫氰酸胍/苯酚法、TRIzol法。异硫氰酸胍不仅仅是一种强蛋白变性剂,而且也是很强的RNase抑制剂。苯酚的主要作用是裂解细胞,使细胞中蛋白质、核酸物质解聚,从而释放核酸。这种方法简便快捷,适用于动植物细胞、组织、酵母细胞、细菌等多种样品的总RNA提取。


(2)离心柱法

离心柱的材料通常是玻璃纤维、硅衍生物或者离子交换膜,可以在特定适宜的条件下特异、可逆地结合RNA。操作过程更加方便快捷,且提取的RNA纯度较高,可是存在着有物种特异性、价位较高等不足。


提取过程中需要注意

(1)彻底匀浆样品

细胞或组织的充分匀浆能够减少RNA的损失和降解。大部分培养细胞加入细胞裂解液后,使用吸管或加样器吹打等较温和的方式匀浆。而组织样本、酵母以及细菌通常使用更加剧烈的方式,例如细菌就需要用酶消化其细胞壁,从而保证细胞充分裂解和RNA的提取得率。


(2)RNA的正确沉淀

一般情况下,可使用异丙醇来沉淀RNA。也有使用共沉淀剂(如Glycogen、Linear Acrylamide)来辅助进行RNA沉淀的特殊情况,以满足一些下游应用的需要。注意沉淀后应避免过于干燥,以防RNA沉淀难以重新溶解。


(3)RNA的重悬

许多RNA提取步骤的最后一步操作就是溶解纯化的RNA沉淀,通常使用DEPC处理水进行重悬溶解即可,也有使用特殊的重悬溶液的情况。理想的重悬溶液应该满足三点要求:无RNase污染、较低的pH值(pH 6-7)、含有螯合剂,以保护RNA不被带入的RNase降解。为了帮助溶解,RNA沉淀置于重悬溶液后可在50 ~ 60℃温度下孵育5 min,并不时轻摇以加速溶解。


(4)RNA的保存

重悬的RNA若需短期保存,可置于-20℃。或者将其适量分装后置于-65 ~ -80℃长期保存,避免反复冻融。值得注意的是RNA的半衰期比较短、易降解,建议抽提后尽快进行后续实验。


重点来啦!总RNA提取需要一款优秀的试剂

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